Στο Λέοντα Μουσούρο παραχωρήθηκε από τον αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλέξιο, τον 11ο ή τον δωδέκατο μ.Χ. αιώνα, η εδαφική περιοχή που καταλαμβάνει μεγάλο μέρος, κυρίως ορεινό, των επαρχιών Σφακίων, Σελίνου και Κυδωνίας. Τμήμα αυτής της έκτασης αποτελούσε η περιοχή των Λάκκων. Σ’ αυτή την περιοχή, ο χάρτης που εκδόθηκε από τον Ενετό Mario Bochini, το 1651, σημειώνει χωριό με το όνομα Lacco. Εκτός από την παραπάνω αναφορά, στο χάρτη του 1651, και ο Ενετός συμβολαιογράφος Αντώνιος Τριβάν αναφέρει στα χρονικά του (μέσα του 17ου αι.) το ίδιο χωριό με το όνομα Lacus ή Lacco Darmaro ή Lacus et Darmaro. Στην ίδια θέση και με την ίδια ονομασία αναφέρεται το χωριό, τόσο στη στατιστική του Καστροφύλακα (1583), όσο και στους «Κρητικούς Γάμους» του Σπ. Ζαμπέλιου.
Από την άλλη πλευρά, η παράδοση αναφέρει ότι, μετά την καταστροφική καταστολή της επανάστασης των Καντανολέων [το 1527], και την ερήμωση των Μεσκλών, κατέφυγαν στους Λάκκους ο Κόκκος, ο Μπίμπος, ο Πόθος και ο Θόδωρος, οι οποίοι έγιναν οι πρώτοι οικιστές. Οι παραπάνω, είναι βέβαιο γεγονός ότι έζησαν στους Λάκκους, γιατί γειτονιές του χωριού και οικογενειακά επώνυμα διατηρούν ακόμα και σήμερα τα ονόματά τους [Κοκκινιανά – Κοκκινάκηδες, Μπιμπιανά, Ποθουλιανοί, Θοδωριανά – Θοδωράκηδες]. Δεν είναι όμως αυτοί οι πρώτοι οικιστές του χωριού γιατί, στη στατιστική του Καστροφύλακα, το 1583, οι Λάκκοι αναφέρονται να έχουν 124 νέους και νέες ηλικίας 14 έως 16 ετών. Επίσης, σε έγγραφο που υπόβαλε στη Βενετία στις 15 Ιουλ. 1536 ο Δούκας της Κρήτης Petro Boldu αναφέρονται οι Λάκκοι (Lacus) και γειτονικά χωριά. Επιπλέον, οι Λακκιώτες Βερίβος, Μουσούρενα, Μολυβάς (Κουτρούλης) και Πενταχτένης, αναγράφονται ως κτήτορες της εκκλησίας της Παναγίας, του 12ου μ.Χ. αιώνα, στο διπλανό χωριό Καράνου.
Από τα παραπάνω μπορούμε να υποθέσουμε ότι, οι Λάκκοι είναι βυζαντινής, τουλάχιστον, περιόδου οικισμός. Η καταγωγή όμως της ονομασίας των, παραμένει ερώτημα χωρίς ικανοποιητική απάντηση. Στο σημείο αυτό, η προφορική παράδοση του χωριού δίνει μια εξήγηση: Οι βοσκοί του διπλανού χωριού, των Μεσκλών, είχαν ανοίξει λάκκους για να ποτίζουν τα ζώα τους. Από αυτούς του λάκκους πήρε το όνομα του και το χωριό.
