Στα χρόνια της τουρκοκρατίας, το βασικό κύτταρο τοπικής διοίκησης υπήρξε η κοινότητα. Μια κοινότητα περιλάμβανε έναν ή περισσότερους οικισμούς και είχε την ευθύνη κυρίως της πληρωμής των φόρων στην κεντρική διοίκηση. Σε πολλές περιπτώσεις, όμως, οι ελληνικές κοινότητες αναπτύχθηκαν σημαντικά και συνέβαλαν στην ενίσχυση, διαμόρφωση και διατήρηση της εθνικής συνείδησης. Οι ίδιες όμως, με τον έντονο τοπικισμό που αναπτύχθηκε, ορισμένες φορές, στάθηκαν εμπόδιο στην προσπάθεια δημιουργίας, μετά την Ελληνική Επανάσταση, ενός ενιαίου και συμπαγούς εθνικού κράτους.
Στα πρώτα ελεύθερα χρόνια, η ελληνική επικράτεια χωρίστηκε σε επαρχίες, υποεπαρχίες (ή αντεπαρχίες) – πρώτης και δεύτερης τάξεως – και κοινότητες. Οι έπαρχοι και οι κοινοτάρχες διορίζονταν από την κεντρική διοίκηση, με τους τελευταίους να επιλέγονται, όμως, από κατάλογο που πρότειναν οι διοικούμενοι. Με το βασιλικό διάταγμα της 27ης Δεκεμβρίου 1834 αυτή η διοικητική διάρθρωση καταργήθηκε και η μικρή χώρα χωρίστηκε σε νομούς (δέκα στην αρχή) και σε επαρχίες. Επίσης, καταργήθηκαν οι κοινότητες, που υπήρχαν από τα χρόνια της τουρκοκρατίας, και οι οικισμοί που τις απάρτιζαν συνενώθηκαν σε δήμους τριών διαφορετικών τάξεων, ανάλογα με τον πληθυσμό τους. Οι νομάρχες υπάγονταν στην αρμοδιότητα του Υπουργείου των Εσωτερικών και διορίζονταν από αυτό. Οι δήμοι είχαν αρκετές αρμοδιότητες, με κυριότερες: την στοιχειώδη εκπαίδευση (απ’ όπου και «δημοτικά» σχολεία), την αστυνόμευση και την στρατολόγηση. Τα δημοτικά συμβούλια εκλέγονταν από τους δημότες, αλλά ο δήμαρχος επιλεγόταν από το νομάρχη, από κατάλογο υποψηφίων που συνέτασσε το δημοτικό συμβούλιο.
Η δεύτερη και ριζικότερη προσπάθεια αναμόρφωσης του αυτοδιοικητικού συστήματος έγινε από τον Ελευθέριο Βενιζέλο το 1912. Με το οργανωτικό σχήμα που εισήγαγε ο νόμος ΔΝΖ/1912 «Περί συστάσεως Δήμων και Κοινοτήτων» κατακερματίστηκαν οι δήμοι και δημιουργήθηκαν χιλιάδες κοινότητες σε ολόκληρη την επικράτεια. Οι κοινότητες αυτές, μικρές και χωρίς πόρους, κατέληξαν να λειτουργούν σαν τοπικά παραρτήματα της κρατικής γραφειοκρατίας (έκδοση πιστοποιητικών και ληξιαρχικών πράξεων) αντί να αποτελούν ζωντανά κύτταρα οικονομικής και πολιτιστικής ανάπτυξης και προόδου.
Η κατάσταση στο χώρο της τοπικής διοίκησης παρέμεινε στα ίδια γενικά πλαίσια και στα επόμενα χρόνια. Η μεταξική δικτατορία, η Απελευθέρωση, ο Εμφύλιος, η Δικτατορία και, στη συνέχεια, η Μεταπολίτευση, ελάχιστα επέδρασαν στα αυτοδιοικητικά πράγματα. Εντωμεταξύ, όμως, η Ελλάδα είχε αλλάξει εντελώς και, το βασικότερο, η αστυφιλία είχε ερημώσει την ύπαιθρο. Οι γερασμένοι και ολιγάριθμοι πληθυσμοί των κοινοτήτων και το πολύπλοκο και αναποτελεσματικό γραφειοκρατικό σύστημα στραγγάλιζε τις αναπτυξιακές πρωτοβουλίες και απέτρεπε την κοινωνική και οικονομική πρόοδο.
Η άνοδος του ΠΑΣΟΚ στην εξουσία το 1981, ενεργοποίησε την αλλαγή στο θεσμικό χάρτη της τοπικής διοίκησης. Με μια σειρά από θεσμικές παρεμβάσεις και νομοθετικές πρωτοβουλίες, και από διαδοχικές κυβερνήσεις, επιχειρήθηκε – και συνεχίζεται και στις μέρες μας – η τρίτη ριζική αναμόρφωση της τοπικής αυτοδιοίκησης. Με το νόμο 1235/1982 αναβαθμίστηκε και επανήλθε ο ξεχασμένος θεσμός των νομαρχιακών συμβουλίων που πρώτος είχε καθιερώσει ο Χαρίλαος Τρικούπης. Στη συνέχεια, με το νόμο 1622/1986 και το προεδρικό διάταγμα 51/1987, η επικράτεια χωρίστηκε σε δεκατρείς περιφέρειες. Με το νόμο 1878/1990 και στη συνέχεια με το νόμο 2218/1994 το σύνολο των αρμοδιοτήτων της παλιάς νομαρχίας μεταβιβαζόταν στην αιρετή πλέον, Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση και στα όργανά της: το Νομάρχη, το Νομαρχιακό Συμβούλιο και τις Νομαρχιακές Επιτροπές.
Το 1997 ψηφίστηκε ο νόμος 2539/1997, γνωστότερος ως Πρόγραμμα «Ιωάννης Καποδίστριας». Οι πρωτοβάθμιοι οργανισμοί τοπικής αυτοδιοίκησης ανακαθορίστηκαν με πληθυσμιακά και χωροταξικά κριτήρια (όχι πάντοτε ξεκάθαρα). Ειδικότερα, το πρόγραμμα «Καποδίστριας» και οι μεταγενέστερες μικρές τροποποιήσεις του δημιούργησαν 901 δήμους και 130 κοινότητες, από τους 369 δήμους και τις 5.554 κοινότητες της απογραφής του 1991. Οι 748 από τους καποδιστριακούς δήμους προήλθαν από τη συνένωση δήμων και κοινοτήτων, δυο κοινότητες αναγνωρίστηκαν ως δήμοι και σε 151 δήμους δεν σημειώθηκε καμιά αλλαγή. Όσον αφορά τις κοινότητες, οι 108 παρέμειναν αμετάβλητες και 22 προέκυψαν από συνένωση άλλων κοινοτήτων. Το υπόλοιπο διοικητικό σύστημα είχε ως εξής: Η χώρα χωρίζεται σε δεκατρείς περιφέρειες, οι οποίες όμως δεν αποτελούσαν Ο.Τ.Α. – και πενήντα δύο νομούς. Τα όρια των νομών, γενικά ορίζουν και τα διοικητικά όρια των νομαρχιακών αυτοδιοικήσεων που αποτελούν τους οργανισμούς τοπικής διοίκησης δεύτερου βαθμού. Ειδική περίπτωση αποτελούν οι τρεις διευρυμένες νομαρχιακές αυτοδιοικήσεις, γνωστές και ως υπερνομαρχίες (Αθηνών-Πειραιώς, Έβρου-Ροδόπης, Δράμας-Καβάλας-Ξάνθης), εντός των οποίων τα όρια των νομών ορίζουν αντίστοιχα νομαρχιακά διαμερίσματα. Από την παλιότερη διοικητική διαίρεση των νομών σε επαρχίες, η οποία καταργήθηκε, ωστόσο, με τον «Καποδίστρια», εξακολούθησαν να υφίστανται δεκαοχτώ επαρχεία. από τα οποία τέσσερα στην ηπειρωτική χώρα και δεκατέσσερα στη νησιωτική.
Η σημερινή μορφή των Ο.Τ.Α. είναι αποτέλεσμα του προγράμματος «Καλλικράτης» (κυβέρνηση Γ. Παπανδρέου, Ν. 3852/2010), ο οποίος συνένωσε περαιτέρω τους πρωτοβάθμιους Ο.Τ.Α. Τα βασικά χαρακτηριστικά του προγράμματος είναι η μείωση του αριθμού των δήμων κατά περίπου 2/3, η αντικατάσταση των 57 νομαρχιών ως δευτεροβάθμιων ΟΤΑ από τις 13 περιφέρειες, η σύσταση των αποκεντρωμένων διοικήσεων και η ανακατανομή των αρμοδιοτήτων κάθε βαθμού. Το βασικό κριτήριο ήταν να μην υπάρχει δήμος με πληθυσμό κάτω των 25.000 κατοίκων στα πολεοδομικά συγκροτήματα Αθήνας και Θεσσαλονίκης ή 10.000 για την υπόλοιπη χώρα – εξαιρέσεις έγιναν μόνο για τις ορεινές περιοχές, όπου το πληθυσμιακό κατώτατο όριο τέθηκε στις 2.000 και στα νησιά, όπου προκρίθηκε η λογική «ένας δήμος ανά νησί» (πλην των δύο μεγάλων, Κρήτης και Εύβοιας).
Συνοπτικά, με το πρόγραμμα «Καλλικράτης» συστάθηκαν 325 δήμοι ως Πρωτοβάθμιοι ΟΤΑ. οι δήμοι διαιρούνται σε δημοτικές ενότητες, οι οποίες αποτελούν τους δήμους που συνενώθηκαν. Αυτές με τη σειρά τους διαιρούνται σε κοινότητες, οι οποίες ταυτίζονται με τα παλαιά δημοτικά διαμερίσματα. Οι νομαρχιακές αυτοδιοικήσεις καταργήθηκαν και στην θέση τους συστάθηκαν οι περιφερειακές ενότητες, συνολικά 74.. Οι Περιφέρειες παρέμειναν 13 και στα ίδια γεωγραφικά όρια, αλλά πλέον αποτελούν δευτεροβάθμιους Ο.Τ.Α με αιρετό περιφερειάρχη και συμβούλιο.
Οι Αποκεντρωμένες Διοικήσεις, συνολικά 7, δεν αποτελούν αυτοδιοικητικό θεσμό. Ο επικεφαλής τους (γενικός γραμματέας) διορίζεται από την κυβέρνηση και ανέλαβαν σε γενικές γραμμές τις αρμοδιότητες των παλαιών κρατικών περιφερειών. Η νέα κυβέρνηση του ΣΥΡΙΖΑ [πρωθυπουργός Αλέξης Τσίπρας, 25 Ιαν. 2015] υποσχέθηκε ότι θα καταργηθούν. Ωστόσο, όπως και τόσες άλλες υποσχέσεις, παραμένει ανεκπλήρωτη [δεν διορίστηκαν, όμως, γενικοί γραμματείς].
